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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已出现出常见的微生物特异性，例如抗癌肿和抗病性毒功能。一般，三萜是依据甲羟戊酸条件聚合的，并从天然的绿植的和白色念珠菌中取出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查整形论文。该调查看到三萜类氧化物野生野生灵芝酸（GA）是使用透明液体培养出来的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学有效的转化呈现的。能够转录组和蛋白质酶质组学新技术性进那步科学探索无柄虫草菌丝体中DHT呈现俩种虫草酸（GA）的系统，并依照两组学新技术性测量到的不一致性什么是基因和不一致性蛋白质酶，猜测DHT 生态学分解 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和系统进行分类

凭借对无柄虫草念珠菌菌丝体来转录组测序共拥有67230个转录本和14293个单人类表观遗传。在许多单人类表观遗传中，495个被签定为不同表示人类表观遗传（DEGs），在这这之中213个表示调整，279个表示降低（图1A）。GO聚集研究数据分析后，DEGs包括生物制品全流程（BP）、组织组织细胞化学物质（CC）和原子核模块（MF）3类。在BP品类中，出来了前八个子品类：抗生素类转换分解率全流程，醋酸钠盐分解率全流程和甲酸盐分解率全流程;而在CC品类中，组织组织细胞外区、突触分手后复合体、突触架构是前八个亚类。谈谈MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、防氧化还原故宫场景酶活力性和酸氨（或酰胺）对接酶活力性是前八个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究数据分析中，前30条聚集度是最高的的通道中含27条一种分解率，在这这之中二氧化氮分解率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解率、丙酸盐分解率网络信号通道为显著聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和功能表细分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄虫草白色念珠菌菌丝体完成血清质组学研究，共分断定了16,457种独有肽、2606种血清质和2588种参考值血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求能力下，我在这2606种血清质中，94种被检测为不同之处展示血清（DEPs），在当中52种上涨，42种降低（图2A），图2C提示了不同之处展示血清的聚类分折法研究热图。从GO研究看你，BP品目提示，基本数DEPs直接参与冰醋酸盐通过通过分解流程、四环素通过通过分解通过通过分解流程和药物治疗通过通过分解通过通过分解流程。CC类DEPs在細胞外区、过防铁的氧化物物酶体和微体中覆盖率高，防氧化物保存酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的比列高（图2B）。与转录组結果相仿，KEGG警报通道研究提示，诸多DEPs在通过通过分解中菌物聚集，在当中3条最菌物聚集的渠道是光合菌物中的碳比较固定、碳通过通过分解和MAPK警报警报通道（图2D）。于此，利用研究GO数据介绍库的CC对DEPs完成亚細胞角度研究和注解（图2E），DEPs大部分地域分布在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs菌物自动合成的大部分角度。

图2|球营养物质组的化学发光法研究和用途检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物变为和比组备选DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个差异化表现dna遗传（图3A）。对转录组和核核蛋白酶组中E组和C组总计有的DEGs/DEPs来进行聚类探讨探讨，看见mRNA和核核蛋白酶当中有13个上浮dna遗传和3个再降dna遗传，DEGs与它翻译工作的DEPs表现平均水平呈正有关于，研究背景Pearson的有关于弹性系数探讨，在转录组和核核蛋白酶组当中检查测量到对较高的有关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测但是表示，E组和C组15个DEGs的表述标准距离相关性，至少9个为上浮DEGs，俩个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表述市场趋势与转录混合物析但是高度。

图3|淀粉酶质组的参考值定量分析和技能核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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